Maraton Trzech Jezior to koronny dystans festiwalu.
Dystansem to już tak naprawdę ultramaraton. Pierwsza połowa dystansu to eksploracja zachodniej, wyższej części Beskidu Małego. Na pierwszym etapie biegacze kierują się przez Nowy Świat i Gaiki do Bielska-Białej Lipnika. Tam, w ruinach przedwojennego amfiteatru, na stokach Gaików, czeka na nich pierwszy punkt regeneracyjny i strefa kibica. Z tego miejsca zaczyna się mordercze podejście niebieskim szlakiem, który wyprowadza zawodników do szlaku czerwonego. Z tego miejsca długim i szybkim trawersem nad bielską dzielnicą Straconką biegną w kierunku przełęczy Przegibek. Stąd przez kilka kilometrów trasa pokrywa się z trasą Górskiego Biegu Frassatiego. Wart wspomnienia jest szczególnie ostry odcinek podejścia na Magurkę od strony Mikuszowic. Za Magurką i Czuplem (najwyższym szczytem Beskidu Małego) biegacze skręcają w prawo i długim, wymagającym technicznie zbiegiem zmierzają w stronę Czernichowa. Po wyjściu szlaku z lasu na łąki przed uczestnikami wyścigu otwiera się malowniczy widok na jezioro Międzybrodzkie i zaporę w Tresnej. Następnie trasa przebiega przez Czernichów, gdzie zlokalizowany jest jeden z punktów kontrolnych, drugi punkt regeneracyjny i strefa kibica. Stąd uczestnicy podbiegają na zaporę w Tresnej, którą przedostają się na drugi brzeg jeziora Międzybrodzkiego i Żywieckiego.
Kilkaset metrów poniżej zapory opuszczają utwardzoną drogę, by niebieskim szlakiem rozpocząć najdłuższy podbieg na Jaworzynę i Wielką Cisową Grapę. Biegnąc granią mogą podziwiać w całej okazałości jezioro Międzybrodzkie i zbiornik na górze Żar. Następnie trasa skręca w kierunku Kiczery. Po jej zdobyciu zaczyna się najbardziej widokowa część biegu: Zbieg otwartymi halami w kierunku góry Żar, podczas którego patrzymy na zbiornik wodny na jej szczycie z góry. Następnie koroną zbiornika biegniemy na szczyt Żaru (punkt regeneracyjny), skąd rozpoczynamy zbieg w kierunku Kozubnika – dawnego luksusowego kurortu wypoczynkowego. Po przebiegnięciu przez Kozubnik jeszcze jeden niedługi podbieg, by znaleźć się w sąsiedniej dolinie i już oczom zmęczonego biegacza ukaże się meta na stadionie w Porąbce, tuż przy terenach rekreacyjnych nad potokiem Wielka Puszcza.
